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经国务院批复同意，南通出口加工区转型升级为综合保税区。据悉，南通综合保税区是全省第8个、全国第31个综合保税区，填补了苏中地区综合保税区的空白。
综合保税区是我国政策、功能最完善的海关特殊监管区域。出口加工区转型升级为综合保税区后，除保留原有的保税加工、保税仓储、国际采购与配送、国际转口贸易、研发、检测与维修等6大功能外，将新增口岸作业、展览展示和对外贸易3大功能。享受税收、海关、国检、外汇、外经贸5方面优惠政策。
南通综合保税区共2个区块。区块一位于原出口加工区范围内，规划面积1.5平方公里，范围为东至新开北路，南至复兴路，西至中天路，北至通启路;区块二位于苏通长江大桥东侧，规划面积3.79平方公里，范围为东至开发区与海门市交界，西至农场路，南至长江，北至纬十七路、纬十五路、纬十六路。
南通出口加工区2002年封关运作以来，取得快速发展，在全市外向型经济发展中发挥了积极作用，但也面临着规划面积不足，功能相对单一的挑战。调整区划，转型升级为南通综合保税区，可以充分发挥功能和政策优势，营造更加高效、便捷的物流环境，成为推动南通加工贸易转型升级、培育新兴高端产业、拉动区域经济发展的重要载体，成为功能齐全、政策优惠、体制创新的具备国际竞争力的产业新高地。
南通综合保税区封关验收后不再保留南通出口加工区。南通综合保税区的功能和有关税收、外汇政策按照《国务院关于设立洋山保税港区的批复》的有关规定执行。
